陕西省生物农业研究所破译首个染色体水平的腐烂茎线虫基因组

　　近日，陕西省生物农业研究所联合中国农业科学院植物保护研究所、榆林市农业科学研究院等单位在Nature旗下著名学术期刊《Scientific Data》上在线发表了题为“Chromosome-level genome assembly of the sweet potato rot nematode Ditylenchus destructor”的论文，破译了首个染色体水平的腐烂茎线虫基因组，为进一步解析腐烂茎线虫致病机理、开发病害防控新策略奠定了重要基础。

　　腐烂茎线虫（Ditylenchus destructor）可以侵染马铃薯、甘薯、大蒜、当归等120余种作物，其中对马铃薯、甘薯等薯类作物的危害尤为严重，由腐烂茎线虫导致的甘薯茎线虫病更是我国北方薯区的三大病害之一。但是，腐烂茎线虫作为一类重要的植物检疫性有害生物，目前对其致病机理的研究仍十分有限，生产上缺乏安全高效的病害防控措施。

　　本研究利用Illumina测序、PacBio测序和Hi-C辅助组装技术，结合RNA-seq数据，获得了大小为133.86 Mb的腐烂茎线虫基因组，其中129.51 Mb（占基因组的96.74%）被成功锚定在4条假染色体（pseudo-chromosome）上，Scaffold N50为32.25 Mb，首次实现了腐烂茎线虫基因组的染色体水平组装。研究共注释获得19,165个蛋白编码基因，其中18,444个基因（占全部蛋白编码基因的96.24%）具有功能注释。该基因组BUSCO评分为73.8%，显著高于目前已公布的其他植物线虫基因组。相关研究结果为进一步解析腐烂茎线虫致病机理、开发病害防控策略提供了高质量的基因组数据资源。

　　陕西省生物农业研究所杨艺炜助理研究员为本文第一作者，常青副研究员为通讯作者。该研究得到了国家重点研发计划（2023YFD1400400）、陕西省青年科技新星（2024ZC-KJXX-018）、陕西省青年基金（2024JC-YBQN-0229）、陕西省科学院科技计划研究项目（2024k-28 & 2023k-02）、陕西省科技创新团队（2024RS-CXTD-73）等项目的资助。

腐烂茎线虫基因组Hi-C与Circos圈图