运行管理
重点实验室目前正处于建设期，特聘请中国植物病理学会线虫专业委员会主任/中国农业科学院植物保护研究所彭德良研究员担任重点实验室主任。学术委员会作为重点实验室的学科优化、人才培养等重要事宜的重要决策机构，对重点实验室的建设意义重大，在专家论证学术委员会的基础上，增补了中国农业大学简恒教授、浙江大学郑经武教授、河北农科院植保所陈书龙研究员、云南农业大学胡先奇教授、陕西省植物保护工作总站范东晟研究员、陕西省林业局郭俊荣研究员、陕西省生物农业研究所张淑莲研究员、张锋研究员为学术委员会委员。体现了学术委员会成员的构成不仅有国内最知名的线虫学领域顶级专家，同时还有省内植保系统、森保系统的技术推广部门，充分体现了深度和广度。实验室的运行管理实行主任负责制，在2020年10月30日召开的实验室建设研讨会上， 学术委员会主任康振生院士针对建设期提出建议，实验室的人员构成应加强开放改革、做成开放式的流动机制，研究对象在围绕果、菜的基础上，扩大到林业灾害性线虫的研究与防控。其他专家委员也分别从学科优化、人才建设、产品开发等方面进行了建言献策。
规章制度
实验室将按照“职责明确、评价科学、开放有序、管理规范”的要求，以建立“开放、流动、竞争、协作”机制为重点，建立现代实验室运行制度，建成具有先进水平的科学研究与技术创新的科研基地。
建立完善的实验室管理机构，编制实验室体系文件，优化整合现有条件，有针对性地重点投入，完善实验室内部各科研团队配置；成立实验室“学术委员会”，聘请具有国际视野的高水平专家组成，对实验室重大学术决策、规范管理等发挥指导作用。
进一步完善客座研究员（教授）、访问学者、研究生教育、开放实验室基金、学术交流等制度，促进科学思想、科技人才的合理、有序的流动；积极促进实验室的人才与其他科研机构、高校以及企业之间的对接。