1．土壤保育修复研究中心

学科定位：瞄准农业生产中不合理利用引起的土壤地力下降、土壤生态环境污染、农产品质量安全等问题，以土壤科学的应用基础研究为立足点，解决农田土壤保育与修复的重大关键技术难题，为土壤资源利用、农业可持续发展和生态环境建设提供决策依据和技术支撑。

研究方向：（1）农业土壤资源及面源污染监测与评估；（2）土壤保育与污染修复；（3）生物肥料的创制与应用。

2．农业生物技术研究中心

学科定位：面向陕西省乃至西部地区“三农”发展，以绿色产品研发为导向，聚焦特种酶的产酶菌种筛选、酶制剂应用、农业生物制剂开发，提供技术支撑服务。

研究方向：1)产酶菌种的挖掘、保护、评价与创新利用；2)产酶微生物发酵工艺的优化；3)酶工程在生物农业中的应用。

3．有害生物监测与防控研究中心

学科定位：主要围绕高值农业产业及农产品安全等重大需求和生产中的关键科学和技术问题，在有害生物预警与防控等领域开展科技创新研究及技术支撑服务。

研究方向：（1）植物有害线虫防治基础与技术研究；（2）农业有害生物绿色防控技术研究；（3）生物源农药创制与开发。

4．种质创新与分子育种研究中心

学科定位：运用现代分子育种技术方法，主要围绕高值特色水果玉米等品种需求和关键科学与技术问题，在特色玉米品种创制领域有所突破及技术支撑服务。

研究方向：（1）特色水果玉米新品中创制与开发；（2）特色甜糯玉米新品种的创制于开发；（3）现代分子育种技术研究。